益生菌可以改變腸道菌群，改善腸道功能，所以適用于腸道功能紊亂時，包括腹瀉、消化不良、使用抗生素時；益生菌可拮抗有害菌，所以適用于各種病毒、細菌引起的胃腸感染；益生菌可刺激腸道免疫細胞，改善腸道和全身免疫，適用于過敏等免疫失調性疾病。
選擇和服用益生菌時應該注意：
1.選擇干燥粉末制劑。干燥休眠技術已用于益生菌領域，使用前賦水可“激活”益生菌；
2.制劑中不含奶、糖、麩質等添加物；
3.分劑量包裝，每次一個包裝劑量；
4.賦水溫度不能超過40℃；
5.使用時與抗生素等藥物間隔至少兩小時；
6.隨吃隨賦水，減少空氣中暴露時間。
